«Аталанта» основана в 1907 году студентами гуманитарного лицея Бергамо. Клуб получил имя в честь Аталанты – древнегреческой героини, которая убивала всех, кто проигрывал ей в беге. В Италии «Аталанту» называют «королевой провинциалов» из-за того, что клуб держит рекорд по количеству выступлений в Серии А среди команд, никогда не становившихся чемпионами. Сейчас на счету клуба 60 сезонов.
Впервые в высшем дивизионе «Аталанта» выступила в 1937 году, но продержалась всего один сезон. В следующий раз клуб вернулся в элиту в 1940 году – настолько успешно, что в прессе его назвали «ужасом из провинции». В 80-х годах команда пережила самый мощный кризис: с 1979 по 1984 год «Аталанта» прошла путь от Серии А до Серии C1 и обратно. Даже побывав в третьем и последнем по силе профессиональном дивизионе Италии «Аталанта» осталась сильной – в 1987 году она дошла до финала Кубка Италии, где уступила «Наполи» с Марадоной.
Единственный трофей в истории «Аталанты» – Кубок Италии 1963 года, а лучший результат в Серии А – третье место в сезонах 2018/19 и 2019/20. В Лиге чемпионов команда впервые сыграла в 2019 году.
В 2020 году главный тренер «Аталанты» – Джан Пьеро Гасперини.